Si no me equivoco tanto Hunters como Chimeras fueron armas biológicas puestas en libertad por el propio Wesker, de ahí que este ordenara a Jill de nuevo investigar la Mansión (Cuando se reencuentran en la Casa de Invitados o Guardhouse).
Wesker conocía a la perfección la mansión Arklay, así como los modos de acceso desde el Centro de Entrenamiento, es normal que pasara todas las trampas y puzzles, por ello manejaba a los S.T.A.R.S. a su gusto, así murieron los miembros del equipo Bravo a garras de las armas biológicas y en parte a Wesker por poner el anzuelo y que picaran.
Pienso que si, Wesker era consciente del nivel en cuestiones de combate e inteligencia de Jill y Chris, por lo que capturó a uno de ellos para encerrarlo en la prisión, supongo que el personaje persiste en la celda desde un poco más adelante del principio del juego, Barry y Jill buscan a Chris, mientras Wesker ya lo tiene en sus manos.