Individualmente la cosa es sencilla, RE es una saga de videojuegos y en todo videojuego el protagonista es el/los personajes que manejamos durante toda la aventura, y el antagonista es/los enemigos a vencer, o aquella entidad a la que representan, que en la mayoría de los casos se trata de Umbrella:
Spoiler RE Zero: Protagonistas Rebecca y Billy - Antagonista Umbrella (representada por Marcus)
RE: Protagonistas Chris y Jill - Antagonista Umbrella (representada por Wesker)
RE2: Protagonistas Leon y Claire - Antagonista Umbrella (representada por Birkin)
RE3: Protagonista Jill - Antagonista Umbrella (representada por Némesis)
RECV: Protagonistas Claire y Chris - Antagonista Umbrella (representada por Alexia y Alfred)
RE4: Protagonistas Leon - Antagonista Los Iluminados (dirigidos por Saddler)
RE5: Protagonistas Chris y Sheva - Antagonista Wesker (representándose a él mismo, jajaja)
REUC: Protagonista Wesker - Antagonista Umbrella (representada por Sergei)
Globalmente, y destacando el hecho de que es una saga de juegos, un protagonista es aquel que aparece en todos los juegos de la franquicia, me explico, nadie puede dudar de que Samus Aran es la protagonista de Metroid, porque no existe Metroid sin Samus, o que Lara Croft es la protagonista de Tomb Raider, o Link en Zelda, Ryu en Street Fighter, etc.
Pero hay sagas como RE, Silent Hill, Fatal Frame por ejemplo, en las que ningún personaje aparece en todos los juegos, por lo tanto no encontramos al protagonista, sino que parecen ser varios protagonistas, entre los cuales seguramente identificaremos a Chris, Jill, Leon y Claire en el caso de RE, por ser los personajes que controlamos durante juegos enteros en por lo menos dos ocasiones.
Es cierto que el personaje que aparece en más cantidad de REs es Wesker, pero curiosamente salvo en REUC nunca lo pudimos controlar y vivir la historia desde su punto de vista, limitándose su aparición en algunos casos a un par de apariciónes en FMV.
A lo que me refería con lo de líneas paralelas es a que un capítulo te cuenta lo que vivieron unos personajes y otro te cuenta lo que vivieron otros, no es un término muy preciso el que utilicé, pero bueno, iba por ese lado.
Redondeando el tema del protagonista, elegir uno sólo en RE es imposible, depende como lo vea cada uno, pero tratando de ser objetivo, creo que los protagonistas de RE, en orden de importancia basándome en su participación y dándole prioridad a los juegos de la saga principal, serían:
Chris: Protagonista en 4 juegos, contando Revelations y en el capítulo de Rusia en REUC
Jill: Protagonista en 3 juegos, contando Revelations, en el capítulo de Rusia y en los extras de RE5 Gold Edition
Leon: Protagonista en 2 juegos, en Operation Javier y en las dos pelìculas CG, contando Damnation
Claire: Protagonista en 2 juegos y en Degeneration.