Al principio iba a ser un único juego llamado Biohazard Online, como han explicado más arriba, pero luego no les entraron todos los escenarios así que no sólo tuvieron que dividirlo en dos juegos sino que muchos escenarios nunca llegaron a ver la luz.
Respecto a cómo transcurre la historia, jugando el primer Outbreak con la IA te habrás dado cuenta de que cada escenario tiene sus personajes predeterminados, en el primer escenario "Outbreak" los protagonistas son Kevin, Mark y Cindy, ya que no importa a quién elijas siempre dos de ellos serán tus compañeros IA. En File 2 eliminaron la configuración predeterminada de IA así que ahí no se sabe.
Los personajes iban en grupos de tres o cuatro, que es como se supone que se juega la aventura, a través de escenarios intercalados de ambos juegos.
Con respecto a los escenarios finales de cada juego, es probable que un grupo de supervivientes terminara en Decisions Decisions y otro en End of the Road, porque obviamente los mismos personajes no pudieron haber estado en ambos escenarios. Incluso debió haber un tercer grupo, ya que si te fijas en Flashback, ahí mismo te dicen que ya estás afuera de Raccoon y que no tienes más que cruzar el bosque para llegar al siguiente pueblo.
Sin embargo, creo que el escenario End of the Road transcurre en una especie de realidad alternativa así que yo personalmente dudo de su canonicidad y creo que no fue planeado desde el principio sino que lo agregaron después ya que File 2 necesitaba un escenario final:
1) En End of the Road vemos un laboratorio de Umbrella que fabricaba BOWs en pleno centro de ciudad, cuando se supone que el único laboratorio en Raccoon era el de Birkin, oculto varios metros bajo tierra.
2) El escenario transcurre el último día de Raccoon así que obviamente es posterior a Hellfire, sin embargo, el hotel Apple Inn está como si nunca se hubiera quemado.
3) En Decisions Decisions descubrimos la vacuna Alba y si escapamos con ella se supone que tenemos en nuestro poder la cura para salvar al mundo, sin embargo, en End of the Road no existe vacuna y la única esperanza para desarrollar una es lograr que Linda escape con vida, sin embargo, nosotros mismos no tenemos salvación porque terminamos el juego infectados!.
4) En Below Freezing Point nos encontramos con Carter herido en el laboratorio de Birkin (es quien si juegas con Yoko te da la Magnum), y luego te dan a entender que se muere, sin embargo en End of the Road el mismo personaje está en el otro laboratorio, como si nada hubiera ocurrido.