De por si, no hay una forma mas rapida de conseguir los items sin tener que ir y volver, lo que puedes hacer es dejarlas en el baul y seguir con las demas piezas pero es mas recomendable el ir colocando pieaza por pieza y asi arrancar el tren.
Por mas que te saltes algunas cosas para llegar mas rapido a los items, siempre vas a tener que pasar por el mismo lugar para llegar al siguiente item, es como pasar por la estacion de gasolina y no agarrar el combustible del tren sin tener que antes resolver el puzzle, si o si tendras que ir y venir y repitiendo los escenarios.
Otra cosa en caso que no te sirva mi consejo es fijate en la Web, mas precisamente en la guia del RE: 3 y ahi buscar como resolver mas rapido todo el problema del tren.
Salu2s.