Obligado a proteger a la población, Leon es ahora un agente del gobierno. Después de haber trabajado de un organismo a otro, ha llegado hasta los escalafones superiores de la seguridad nacional, Leon ha completado la formación necesaria para incorporarse al servicio secreto de seguridad del Presidente Graham, de una sola vez. El problema que se presenta ahora es el secuestro de la hija del Presidente.

La primera misión de Leon será rescatar y devolver a la hija del Presidente. Después de muchas búsquedas en el mundo se encontraron pistas del paradero de Ashley Graham y el grupo que la secuestró, por lo tanto Leon viajaría al lugar, concretamente una pequeña aldea europea. La policía local recibió las solicitudes para ayudar a Leon, lo primero que hicieron fue trasladarlo en coche hasta el pueblo.

Ashley es la hija adolescente del Presidente de los Estados Unidos. En el día en que fue secuestrada, Leon S. Kennedy fue asignado a un seguimiento de sus secuestradores, rescatarla a la chica, y posteriormente su regreso a los Estados Unidos.

Ashley es una chica dulce, sin conocimientos de combate o defensa propia, y que depende totalmente en función de lo que haga Leon, para protegerla y para ser su guía de seguridad. Pero lo que Ashley no sabe es que sus captores tienen otros planes, pero que sin duda su participación en esta trampa es esencial.

Años atrás hubo una mujer que murió por intentar salvar a su hombre. El oficial novato de nombre Leon S. Kennedy quería protegerla, pero no lo consiguió.

Escuchar la muerte le ha obsesionado durante años. Leon se reunió con Ada cuando ella estaba buscando a su novio en Raccoon City, un investigador llamado John. Pero se sospechaba que buscaba mucho más que eso. Ada era una agente secreto de una empresa desconocida, un competidor de Umbrella, la cual quería obtener una muestra del Virus-G creado por William Birkin. Al final ella eligió la vida antes que el dinero, y dio su vida para proteger a Leon...

Luis Sera fue un científico que trabajó para la secta de Los Illuminados. Al principio, creía que era sólo la realización de investigaciones sobre los antiguos parásitos, pero pronto descubrió que estaba participando en un complot para dominar el mundo. Luis intentando ponerse en contacto con un viejo amigo de la universidad, él pensó que todavía estaba vivo.

Ada Wong interceptó el e-mail, en cambio, respondió a Luis, alegando que podría ayudar, pero que a cambio tendría una muestra del virus.

Uno de los tres individuos capaces de controlar a los aldeanos (Plagas), todo gracias a su paso por el ritual de conversión, hizo que tomara una enorme fuerza.

Su misión será la de capturar a Luis Sera y recuperar la muestra que robó. Leon se entromete en su camino en varias ocasiones, acaban luchando cuerpo a cuerpo ambos.

Salazar estaba cegado por la secta de los Iluminados, Saddler le ordenó revivir a este grupo y además a las Plagas, con esto no solo sentenciaba a todo el pueblo, sino que él mismo también se había condenado por hacer que cumpliera la palabra de su señor Saddler.

Trabajaba en la misma compañía que Leon, pero fue dado por muerto en un accidente hace dos años.

Fue sometido bajo varios experimentos por la organización de Wesker y consecuentemente se infiltró bajo las órdenes de Saddler para conseguir una muestra de las Plagas.

Pudo convencer a Salazar para revivir el antiguo grupo religioso y revivir también a los antiguos parásitos para someter a todo el pueblo. Bitores Mendez también contribuyó en la misión.

Crea una unidad de investigación encabezada por Luis para usar a las Plagas y así crear horribles criaturas con ellas. Sin embargo todo no es más que una fachada que oculta su verdadero plan (hacerse con el control de Estados Unidos para dominar el mundo).